目斗嶼位在澎湖群島的最北邊，與其南側的吉貝島相隔七公里，全島周長843公尺，面積僅0.0244平方公里，是一個迷你小島，島上以目斗嶼燈塔聞名。由於目斗嶼附近到吉貝嶼之間均屬深水海蝕台，水中暗礁處處，水深不及一公尺處比比皆是，也因為如此，海底的動植物均能受到充足的陽光，水面上的人也可以透視海底， 遨遊美麗的海底世界。為了確保船隻的安全，1899年在目斗嶼上建燈塔。高約40公尺的銑鐵燈塔，塔身為白色及藍黑相間， 聳然矗立，為東亞最高之銑鐵燈塔。

由玄武岩組成的目斗嶼，極具原始風貌，黑色的岩石紮實地凝聚在島的四周，激起浪花朵朵，透出一份豪壯之氣。目斗嶼和吉貝之間有一淺沙帶，長數百公尺，寬約五公尺，海水僅及膝蓋，人行其上好像在海面上行走，十分有趣。從吉貝前往目斗嶼的航程上，由於水域較淺，充足的陽光讓此海域擁有多樣化的海洋生物，當陽光灑落下來，光芒輕快地跳躍在清澈碧綠的水面上，海底世界一覽無遺。

目斗嶼燈塔前方的港灣，為一處浮潛的聖地，任何一個初學者都可以在這裡擁抱色彩絢麗附有生命力的海洋。目斗嶼另一處特殊的景觀─海底隧道。位在峭壁底端，漲潮時隱沒在海中，退潮時則可容人側身進入。隧道長約80m，為特殊微輝長斑岩裂隙，內有美麗的魚類洄游，是潛水與探險好去處。